慶長6年（1601）江戸幕府は東海道に宿駅伝馬制を設け、由比宿はこの年に宿場として指定された。本陣職は鎌倉時代から続く由比氏の系統の岩邊氏に安堵され、江戸時代は代々岩邊郷右衛門を名乗った。
由比宿の大きさは町並みが約600m、戸数160軒、このうち本陣1、脇本陣1、旅篭32軒で東海道でも下から2番目の小さな宿場町だった。
宿場の東西の入り口には万一の攻撃に備えて街道をカギの手に曲げた枡形あり、今でもその面影を残している。